2G用户怎么装SnapATAC

最近升级R到4.0版本,遂重新安装分析需要的包。大部分包都很顺利,唯独这个SnapATAC,从Rstudio中不管是用devtools::install_github还是用biocManager::install都不响应,等一段时间就timeout了。经过挠头皮思考之后,找到了一种安装方法。适合访问github速度慢或者从github下载源码速度慢的小可爱。想想还是挺有意思的,遂记下来以供参考~

首先SnapATAC为什么下载这么慢?

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看github上的源码结构我们可以发现作者其实是把代码和数据混在一起,下载数据时经常卡死。

所以解决方法很简单,我们只下源码,不下demo数据。故而,这里我们排除下载 data, examples, imagesinst/extdata 这四个目录。怎么做呢?

安装一个叫做 GitZip 的chrome插件,这个插件实现了从github项目中下载部分文件或者目录的功能。

扩展迷 上可下载插件:https://www.extfans.com/

安装完成之后双击想要下载的目录或者文件名称后的空白部分标记想要下载的目录或者文件,点击右下角的下载按钮即可。

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点击下载后会保存到本地,压缩包名为 SnapATAC-.zip,解压并重命名目录为 SnapATAC

已经整理好的源码:https://barwe.lanzous.com/insiGgbf7ba

打开cmd并进入到解压目录所在的目录,执行

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R CMD build SnapATAC

这一步编译SnapATAC并生成一个压缩包 SnapATAC_x.x.x.tar.gz,其中 x.x.x 是版本号。

然后继续执行

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R CMD INSTALL SnapATAC_x.x.x.tar.gz

如果提示缺少依赖就先装好依赖~

大功告成~

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